Het Bestuurlijk Kernteam is eindverantwoordelijk voor de uitvoering van het uitvoeringsprogramma. De dagelijkse besturen van de provincie, de gemeenten en het waterschap stellen daarvoor steeds het kader vast. Het Bestuurlijk Kernteam fungeert als opdrachtgever voor het Uitvoeringsteam en beslist over de verdeling van de beschikbare middelen.
Daarvoor stelt het Bestuurlijk Kernteam jaarlijks de prioriteiten voor de uitvoering op. Het Bestuurlijk Kernteam bestaat uit de volgende bestuurders:
drs. T.W. Rietkerk
gedeputeerde Provincie Overijssel
J. Laarman
dagelijks bestuurslid Waterschap Groot Salland
E. Boerman
wethouder Gemeente Kampen
W.I. Meijer
wethouder Gemeente Zwartewaterland
H.J. Dannenberg
wethouder Gemeente Zwolle